天然のはちみつは、時間が経つと自然に結晶します。特に冷蔵庫や冷たい場所に置くと、結晶化がさらに加速します。結晶は小さな粒から始まり、次第に広がっていきます。
はちみつは主に果糖とブドウ糖で構成されています(砂糖は分子の大きいショ糖)。お花の種類によって果糖とブドウ糖の比率が異なり、ブドウ糖の多い花蜜から作られたはちみつほど結晶しやすくなります。一方、果糖の含有量が多いアカシアのはちみつなどは結晶しにくいとされています。
また、砂糖や水飴が加えられたはちみつ(非純粋)や、約60度まで加熱されたはちみつも結晶しにくい傾向があります。
結晶化した天然・純粋・非加熱のはちみつは、40℃前後の湯(例:ヨーグルトメーカーなどで保温)にしばらく置いておくと、元の状態に戻ります。